Území města Kutná Hora je z významné části zastavěno, vlastní město se nachází v jeho středu. Je charakteristické významným historickým centrem, ale i průmyslovými podniky v okrajových částech. Jihovýchodní část území města je využívána převážně zemědělsky. Území města protíná ve směru severovýchodním říčka Vrchlice, nad městem Kutná Hora jsou na ní postaveny dvě významné vodní nádrže, vodárenská nádrž Vrchlice a Velký rybník, který slouží k rekreaci.
Město je poměrně dobře chráněno před povodněmi díky retenčnímu prostoru obou nádrží na Vrchlici, takže je ohroženo při nejvýznamnějších dlouho trvajících povodních. Části města jsou ohroženy i při přívalových srážkách.
