Úsek toku Labe na území obce Kly je tokem s významným povodňovým rizikem.
Na území Kel proběhlo již mnoho povodní. Největší povodně byly zaznamenány v roce 2002, 2013. Další zaznamenané povodně 03/1981, 07/1997, 03/2000, 03/2005, 04/2006, 09/2010.,
Srpen 2002
Dosud nejvyšší povodeň, zaplavení Kel bylo způsobeno vybřežením Vltavy a zpětným vzdutím povodňové vlny od Mělníka. Kulminační stavy:
MS Mělník 1066 cm, 5.050 m3.s-1, cca 8 m nad běžnou hladinu.
Zaplavené území Kel bylo ohraničené silnicí č. I/9 Praha – Mělník, zčásti byly zaplaveny i nemovitosti za silnicí. Výjimku tvořilo několik nemovitostí starých Kel na terénní vyvýšenině na pravé straně příjezdové silnice do Kel. Záplava měla devastující účinky, velký počet domů se zřítil, další bylo nutno po povodni z bezpečnostních důvodů strhnout. Náhradou byly vystavěny domy mimo záplavové území, dnes nazývané „nové Kly“.
Červen 2013
Kulminační stavy:
Labe MS Mělník 400 cm, 633 m3.s-1 II. SPA
Vltava MS Vraňany 784 cm, 633 m3.s-1 III. SPA
Povodeň v České republice 2013 probíhala ve třech navazujících vlnách: první od 29. května do 5. června po několikadenním dešti především v oblasti Středočeské pahorkatiny, ale i na severozápadě a severovýchodě Čech, druhá a zdaleka ne tak intenzivní přišla v důsledku intenzivních lokálních dešťů do nasycených jihočeských povodí od 10. června do 12. června a třetí, nejslabší vlna od 24. června do 27. června 2013 v oblasti Krkonoš, Jizerských hor a Českomoravské vrchoviny.
Především v první vlně dosáhly potoky a řeky na mnoha místech úroveň 20 až 50leté povodně, nikterak výjimečně i stoleté. Zasaženo bylo celkem 970 obcí na celém území ČR.
