Povodeň březen/duben 2006
Na přelomu března a dubna postihla území Kostelce nad Labem klasická jarní povodeň způsobená táním sněhu v horních částech povodí Labe.
Průtoky při povodni 2006 (zdroj PLA)
Povodeň 2011
Vlivem odtávání sněhové pokrývky na celém území Čech ve dnech 11. 1. 2011 až 16. 1. 2011 došlo k nárůstu výšky hladiny řeky Labe. Dne 14. 1. 2011 ve 01:00 h nastal 1. SPA (stav bdělosti – hladina Labe dosáhla na měřící stanici Brandýs nad Labem výšky 280 cm). V sobotu 15. 1. 2011 byla provedena obhlídka Rudče a okolí předsedou MPK. Výše hladiny Labe na úseku Brandýs nad Labem – Mělník soutok odpovídala situaci a výsledkům měření v monitorovacích stanicích v územní působnosti Povodí Labe, státní podnik, a měla stoupající tendenci. Ve 12:45 h byl povodňovou komisí ORP Neratovice prostřednictvím Městské policie Neratovice vyhlášen 2. SPA (stav pohotovosti – na měřící stanici Brandýs nad Labem dosáhla výše hladiny 380 cm) na úseku Labe od Brandýsa nad Labem po Mělník soutok. Dne 16. 1. 2011 ve 22:00 h dosáhlo Labe kulminaci na výšce hladiny 423 cm a průtoku 568 m3/s. V pondělí 17. 1. 2011 v 18:00 hodin byl Povodňovou komisí ORP Neratovice prostřednictvím MP Neratovice odvolán 2. SPA na úseku Labe Brandýs nad Labem po soutok s Vltavou v Mělníku. Ve středu 19. 1. 2011 v 10,30 hodin hladina Labe v Brandýse nad Labem klesla na 279 cm a 1. SPA zanikl.
Povodeň 2013
Vlivem vydatných srážek na celém území České republiky zejména v období od 18. 5. 2013 do 3. 6. 2013 došlo ke zvýšení hladin řek na celém území České republiky. Dne 2. 6. 2013 v 11:45 hodin dosáhla výška hladiny řeky Labe 280 cm a nastal 1. SPA v úseku řeky Labe od LG Brandýs nad Labem po soutok řek Labe a Vltavy pod Mělníkem. Dne 2. 6. 2013 v 09:50 hodin vyhlásila povodňová komise ORP Neratovice 2. SPA pro celé území její působnosti avšak s ohledem na povodňovou situaci na řece Vltavě. Protože během dne docházelo k razantnímu nárůstu hladiny řeky Vltavy v LG Vraňany, vyhlásila povodňová komise ORP Neratovice 3. SPA (stav ohrožení) pro celé území její působnosti. Na úseku řeky Labe od LG Brandýs nad Labem až po soutok však nadále trval 1. SPA a k vzestupu výšky hladiny docházelo jen velmi pozvolna, a to zejména v části pod zdymadlem v Kostelci nad Labem. Dne 3. 6. 2013 v 01:00 hodin výška hladiny řeky Labe vystoupala na 380 cm a tím byl dosažen 2. SPA i na úseku řeky Labe od Brandýsa nad Labem po zdymadlo v Kostelci nad Labem. Labe pod zdymadlem mělo v důsledku jeho vzdutí od soutoku proti proudu vyšší hladinu a tak údaje z LG Brandýs nad Labem byly pro tuto část úseku Labe zavádějící. Dne 3. 6. 2013 v 10:00 hodin došlo vlivem vzestupu hladiny řeky Vltavy v LG Vraňany na cca 770 cm (průtok cca 2 800 m3/s) a vzdutí Labe od soutoku proti proudu Labe k zaplavení příjezdové cesty na čističku odpadních vod v Kostelci nad Labem. Ve 12:00 hodin byly odstaveny čerpací stanice splaškových vod “F” a “Martinská”. V odpoledních a večerních hodinách dne 3. 6. 2013 nastala kritická situace před můstkem silnice II. třídy č.244 (přes Poleradský potok), kdy v důsledku zatrubnění Poleradského potoka přes soukromé pozemky hrozilo přelití hrany koryta Poleradského potoka uprostřed města na ulici T. G. Masaryka a do přilehlých ulic Tyršova a Křovákova. k přelití hrany koryta chybělo 8–10 cm. Ve večerních hodinách 20:00 až 22:30 hodin jednotka JSDHO Kostelec nad Labem odčerpávala vodu z Poleradského V nočních a ranních hodinách dne 4. 6. 2013 klesla hladina Poleradského potoka o 40 cm a vzhledem k tomu, že srážky ustaly, nebezpečí rozlivu do města pominulo. Kulminace řeky Labe v LG Brandýs nad Labem nastala v době od 08:30 do 11:30 hodin na výšce hladiny 435 cm a průtoku 670 m3/s (stále 2. SPA). Kulminace řeky Vltavy v LG Vraňany nastala v době od 12:30 do 18:00 hodin na výšce hladiny 785 cm a průtoku 3 140 m3/s (3. SPA). V dopoledních hodinách dne 4. 6. 2013 v důsledku kulminace řeky Labe a skoro kulminace řeky Vltavy se Labe přelilo přes hranu koryta v bývalém přístavu pod cukrovarem v rekreační chatové oblasti Rudeč – Na Špičce a došlo k zatopení pozemků s 12 rekreačními chatami. Hladina Labe se v odpoledních a nočních hodinách snižovala a 5. 6. 2013 v cca 04:00 hodin klesla pod 380 cm což odpovídá 1. SPA.
1. SPA zanikl 6. 6. 2013 v cca 18,00 hodin.