Město leží na řece Vltavě, významným tokem s povodňovým rizikem. Vltava protéká městem v.řkm.28-33. Město leží v povodňovém úseku Velká Chuchle – Vraňany. Řídícím profilem je profil A Praha – Chuchle.
Libčice leží na levém břehu Vltavy.
Vltava je pravostranný přítok Labe, do kterého se vlévá u Mělníka na jeho 836,49 ř. km v nadmořské výšce 156,18 m. Vzniká na Šumavě soutokem Teplé a Studené Vltavy. V povodí se nachází Ví jak 33 000 vodních ploch, z nichž největší jsou vodní nádrže Lipno I a Orlík.
Město může být dále ohroženo menšími vodními toky při přívalových srážkách
Záplavové území toku řeky Vltavy – Libčice nad Vltavou