Město Roztoky je poměrně značně ohroženo, včetně celé řady průmyslových a komerčních objektů, a to především z Vltavy (lze odhadnout na 95,0 % veškerých povodňových škod). Částečné ohrožení (5,0 %) je z drobných jmenovitých toků (Únětický a Žalovský potok) ve správě Povodí Vltavy, státní podnik.
Město leží na řece Vltavě, významným tokem s povodňovým rizikem. Městem protéká cca v ř. km 33 až 40. Město leží v povodňovém úseku Velká Chuchle – Vraňany. Řídícím profilem je profil A Praha–Chuchle.
Dalším tokem na území města je levostranný přítok Vltavy – Unětický potok.
Vltava je pravostranný přítok Labe, do kterého se vlévá u Mělníka na jeho 836,49 ř. km v nadmořské výšce 156,18 m. Vzniká na Šumavě soutokem Teplé a Studené Vltavy. Největším přítokem je Sázava (225,93 km). V povodí se nachází více než 33 000 vodních ploch, z nichž největší jsou vodní nádrže Lipno I a Orlík.
Únětický potok je zhruba 15 km dlouhý potok, který je levým přítokem Vltavy severně od Prahy. Svůj název má podle obce Únětice, kudy protéká. Jeho povodí zaujímá rozlohu téměř 45 km² a průměrný průtok je 0,10 m³/s. Dolní tok potoka má podobu hlubokého údolí se skalními stěnami a patří do přírodních rezervací Údolí Únětického potoka a Roztocký háj a Tiché údolí. Jedná se o přírodní koryto, které je ve městě místně upravené s několika stupni ve dně. Únětický potok má vyhlášené záplavové území
Únětický potok teče z obce Kněževes přes tuchoměřickou část Kněžívka, Tuchoměřice, tuchoměřickou osadu Pastviště, Štěrbův mlýn, Kopaninský mlýn, Statenice, Černý Vůl, Únětice, na kraji Únětic přes retenční nádrž, dále od soutoku s Horoměřickým potokem, který se vlévá zprava pod Kozími hřbety, vede v asi 1,5 km dlouhém úseku okrajem území Prahy (městská část Praha-Suchdol), Dále pokračuje v jižní části města Roztoky kolem bývalé výletní restaurace Maxmiliánka Tichým údolím k ústí, kde se nedaleko zámku vlévá zleva do Vltavy.
Žalkovský potok, občasný vodní tok, značně posilovaný kanalizačním systémem města, ř. km 0,00–1,00. Vzhledem k umístění ve strmé strži nelze při přívalových deštích vyloučit velké bleskové povodně. Vzhledem k masivní zástavbě v pramenné části byl nad tenisovými kurty vybudován suchý poldr pro ochranu dalšího území
Záplavové území toku řeky Vltavy